Filtre brukes til å fjerne partikler og forurensninger i vannet, samt lakselus og lus-egg når avlusing utføres i en brønnbåt. Filtre må brukes før UV-behandling av vann for å fjerne partikler som kan skape skygger i UV-kammeret. Mindre partikler i vannet skaper god vannkvalitet og god fiskevellferd. Rent vann gir gode vilkår for vekst.
Trykkfilter sikrer god filtrering av vannet, som gir god vannkvalitet og hindrer uønskede utslipp. Automatiske tilbakespylingsfilter sørger for å skille ut partikler i vannstrømmen ved hjelp av trykk og Bernoulli-prinsippet. I en vannbehandlingsprosses brukes filtre før UV-behandling av vann for å fjerne partikler som kan redusere effektiviteten til UV-behandlingen.